W czasie II wojny światowej mieścił się tu niemiecki ośrodek badań nad nowymi broniami III Rzeszy, m.in. nad broniami V-1 i V-2 założony w roku 1937. Podczas wojny Peenemünde było kilkakrotnie bombardowane przez lotnictwo bombowe brytyjskie RAF i amerykańskie USAF. Po zakończeniu wojny większość naukowców pracujących w Peenemünde została przechwycona i wywieziona do USA, Brytyjczycy i Sowieci przechwycili pracowników technicznych z Peenemünde. Na mocy porozumień pomiędzy aliantami ośrodek w Peenemünde został zniszczony. Ocalała jedynie elektrownia, funkcjonująca do upadku NRD, a obecnie przerobiona na muzeum, lotnisko i linia kolejowa do pobliskiego uzdrowiska w Zinnowitz.
Blisko muzeum rakiet jest zakotwiczony radziecki okręt podwodny projektu 651, w terminologii NATO zwanego Juliett. Okręt nosi nazwę U-461, ale w trakcie służby (1965-1991) nazywał się K-24, a potem B-124. Okręty tego typu były napędzane klasycznie, diesel-elektryka i były wyposażone w cztery wyrzutnie rakiet o zasięgu rzędu 500 km do zwalczania celów naziemnych oraz nawodnych, a do tego w 10 wyrzutni torpedowych.