Otwór wejściowy jaskini został odsłonięty w trakcie eksploatacji marmuru w wyrobisku Kletno III, w 1966 r. był to otwór w kształcie poziomej szczeliny ok. 2 m powyżej poziomu eksploatacji. Ze względu na naukową i przyrodniczą wagę tego odkrycia w grudniu 1966 roku wstrzymano eksplatacje kamieniołomu. 1983 r. po ośmioletnich pracach przygotowawczych (prace górnicze i budowlane w jaskini, założenie oświetlenia, budowa pawilonu wejściowego, modernizacja dróg dojazdowych i parkingu) otwarto Jaskinię Niedźwiedzią dla ruchu turystycznego.